Одержимий помстою проти Короля Ігорів, Сето Каіба розпочинає розкопки в Єгипті, щоб знайти фрагменти Мілленіум Пазла, який колись утримував дух "альтернативного Югі". Однак, закутаний у плащ чоловік краде два шматки Пазла і зникає, перш ніж його вдалося відновити. Тим часом, зараз у своєму останньому році в середній школі, Югі Муту та його друзі планують своє майбутнє, не підозрюючи про небезпеку, що підкрадається.

Yu☆Gi☆Oh! Темна Сторона В вимірів розповідає про помстливі сили, які спотворюють реальність так, як їм хочеться. Чи зможуть Сето і Югі подолати свої розбіжності та врятувати світ, чи жадібність Сето візьме верх над ним?