2199 рік нашої ери. Ямато намагався залишити за собою галактику Великого Магелланового Хмари, після отримання "Космо Реверс Системи" на своєму призначенні, Іскандарі. Однак раптово він стикається з таємничою групою на краю Великого Магелланового Хмари. Екіпаж дізнається, що групу називають "Гатлантіс", а її лідер — командир експедиційних сил Гутаба, який називає себе "Горан Дагааму Грому". Командир вимагає, щоб Ямато був переданий йому. Ямато, бажаючи поспішити на Землю, уникає сутички. Однак Ямато атакують руйнівною променевою зброєю під назвою "Полум'яний Прямий Атакуючий Канон", яка може трансцендувати простір.

Ямато вдалося відступити, але він виявляється загубленим і потрапляє в дивно забарвлену неправильну вимірність. Екіпаж вирішує вимкнути двигун на кораблі та дослідити таємничу планету. Щоб зібрати інформацію, Кодай, Кірю, Савамура, Ніїмі та Айхара приземляються на планету. Те, що вони побачили, коли прибули, був корабель, який не повинен був там бути.

Дагааму переслідує сліди варпу Ямато і також досягає дивно забарвленого простору. Планета, на якій приземлився Ямато, насправді була тим, що Дагааму шукав весь цей час.