У 1939 році людство було на межі знищення. Озброєні зброєю руйнівної сили, таємнича інопланетна раса, відома як Нейрої, розпочала вторгнення на Землю, спустошуючи планету, знищуючи країни та розгромлюючи людські армії. Щоб протистояти цій, здавалося б, незупинній силі, світові держави об'єдналися. Було створено новий пристрій, званий Страйкер Юніт, здатний протистояти технології Нейроїв. Дівчата, оснащені Страйкер Юніт, стали відомі як Відьми, сформувавши останню лінію оборони людства. Вони почали свою боротьбу проти Нейроїв, використовуючи свої тепер вже посилені магічні здібності, демонструючи руйнівну зброю, з якою жодна людина не могла впоратися.

Швидко вперед до 1944 року — Йошіка Міафуджі — молода підліткова дівчина, яка врешті-решт вирішує приєднатися до 501-ї спільної винищувальної ескадрильї, відомої як "Страйк Відьми". Однак, не маючи формальної підготовки, чи зможе Міафуджі навчитися співпрацювати з іншими Страйк Відьмами? І якщо так, чи зможе вона врятувати людство від нападу Нейроїв?