У 2015 році, більше ніж через десятиліття після катастрофічної події, відомої як Другий Удар, людство намагається відновитися. Під час цього періоду відновлення обрані одиниці дізнаються про істот, відомих як Ангели — колосальні злісні сутності, які мають намір спровокувати Третій Удар і знищити решту людства.

Покликаний у місто Токіо-3 своїм батьком Гендо Ікари, підліток Сіндзі опиняється в епіцентрі боротьби людства. Відокремлений від Гендо з моменту смерті матері, Сіндзі вважає, що його батько хоче відновити їхні розбиті сімейні зв’язки; натомість він дізнається, що його привели, щоб керувати величезною машиною, здатною боротися з Ангелами, Евангеліоном Юніт-01. Примушений боротися проти хвилі за хвилею найбільшої загрози для людства, юний хлопець виявляється втягнутим у план, який може назавжди змінити майбутнє людства.