Незважаючи на знищення світу механізації Андромеда, машинна імперія все ще розповсюджується по галактиці, а Земля стала полем бою. Повернувшись з подорожі на потязі Галактичний експрес 999, Тецуро Хошино приєднується до опору і бореться разом з іншими, хто зберіг свою людяність.

Коли 999 повертається на Землю, Тецуро отримує загадкове записане повідомлення від своєї колишньої супутниці в подорожі Маетель, в якому вона говорить йому знову сісти на потяг. Боровшись до станції Мегалополіс, він потрапляє на потяг саме в той момент, коли він вирушає. Цього разу, однак, Тецуро стикається з кількома загадками: Маетель ніде не видно, з'явився зловісний "Привид-потяг", а остаточна мета 999 невідома. Серед усього цього Тецуро виявляється перед загадковим чорним лицарем Фаустом і незабаром відкриває найтемнішу таємницю машинної імперії.