Продовжуючи свою подорож регіоном Джото, Сатоші та його друзі відвідують Альтомаре, острівне місто, яке проводить щорічний змагання під назвою Покемон Водні Перегони. Поки Такеші та Касумі насолоджуються відпочинком, з Сатоші починають відбуватися дивні речі — він якимось чином програє водні перегони, бачить, як жінки нападають на дівчину зі своїми покемонами, і, незважаючи на те, що вони рятують її, дівчина пізніше заперечує, що коли-небудь бачила Сатоші та Пікачу!

На щастя для Сатоші, його плутанина розвіюється, коли він дізнається, що дівчина, яку він і Пікачу врятували раніше, насправді була покемоном на ім'я Латіас, яка любить маскуватися під свою людську подругу, Канон. Латіас та інший покемон, Латіос, відомі як Покемони Еон, оскільки вони населяють і охороняють Альтомаре разом з містичною синьою сферою, відомою як Душевна Роса. Давня легенда про Альтомаре тісно пов'язана з Покемонами Еон та Душевною Росою і добре відома серед місцевих жителів — а також серед попередніх нападників на Латіас, сестер-злодійок Заннер і Ліон. Коли злодії намагаються захопити як Покемонів Еон, так і Душевну Росу, Сатоші змушений діяти, щоб зупинити їх від принесення лиха Альтомаре.