Серебі, легендарний покемон, відомий своєю здатністю подорожувати в часі, переслідується невідомим браконьєром, який прагне його захопити. Юкінарі, молодий тренер покемонів, який любить малювати портрети покемонів, намагається захистити Серебі, коли той випадково натрапляє на нього; але під час втечі обидва зникають безслідно.

Через сорок років амбітний тренер покемонів Сатоші сподівається побачити рідкісних покемонів у своїй місцевості. Біл, водій човна, відвозить Сатоші до його села. Сатоші супроводжують троє його найближчих друзів: Такеші, колишній лідер зали, який тренується, щоб стати великим розплідником покемонів; Касумі, молода дівчина, яка хоче стати досвідченим тренером водяних типів; та Пікачу, покемон-партнер Сатоші та його перший товариш.

Тим часом, Юкінарі та Серебі знову з'являються в сучасному часі Сатоші і натрапляють на його групу. Замаскований Лорд Вішес, найсильніший виконавчий співробітник Команди Рокет, прагне захопити Серебі. Використовуючи Темний М'яч, варіант Монстр М'яча, який корумпує покемонів, що потрапляють всередину, і виводить їх максимальну силу, Вішес може перетворити невинних покемонів на потужні та страшні перешкоди, включаючи саме Серебі! Опинившись у важкій ситуації, Сатоші, Юкінарі та їхні друзі повинні працювати разом, щоб перемогти Вішеса і врятувати Серебі та себе.