Стародавнє пророцтво говорить про день, коли титани льоду, блискавки та вогню будуть потривожені. Коли це станеться, Лугія, охоронець моря, підніметься і відновить гармонію. Очарований словами пророцтва, Гелардан, колекціонер покемонів, вирушає на своєму повітряному кораблі з жахливим планом захопити Лугію, переслідуючи цих трьох титанов.

Після того, як Гелардан робить свій хід, починаються різкі зміни клімату, оскільки жахливі шторми починають з'являтися по всьому світу. Один з таких штормів змушує корабель, що перевозить тренерів покемонів Сатоші, Касумі та Кенджі, збитися з курсу і приземлитися на острові Шамуті. Прибувши, Сатоші дізнається про стародавнє пророцтво і про свою долю як обраного, який допоможе Лугії відновити баланс у світі.

З долею світу в своїх руках, Сатоші повинен зібратися з духом, щоб зустрітися з хаосом, який загрожує розірвати все на шматки, і зупинити Гелардена.