Давним-давно всі люди жили під водою. Однак деякі з них віддавали перевагу поверхні і назавжди залишили підводне життя. Внаслідок цього вони були позбавлені божественного захисту, званого "Ена", який дозволяв їм дихати під водою. З часом прірва між мешканцями моря та поверхні розширилася, хоча контакт між двома народами все ще існував.

"Nagi no Asu kara" розповідає історію Хікарі Сакісіми та Манакі Мукайдо, а також їхніх друзів дитинства Чісакі Хірадайра та Канаме Ісаки, які змушені залишити море і відвідувати школу на поверхні. Там група також зустрічає Цумугу Кіхару, однокласника та рибалку, який любить море.

Життя Хікарі та його друзів зміниться, оскільки їм доведеться зіткнутися з глибокою ненавистю та дискримінацією між людьми моря та поверхні, бурями в їхньому особистому житті, а також з наближенням бурі, яка може призвести до загибелі всіх, хто живе на поверхні.