В пошуках справжнього кохання, Канако Міяме переходить до католицької школи Аме но Кісакі, натхненна тим, як її батьки закохалися один в одного там. Є лише одна різниця: оскільки чоловіки викликають у Канако кропив'янку, вона насправді прийшла до школи для дівчат, щоб знайти партнера тієї ж статі.

Коли вона зустрічає прекрасну Марію Сідо, Канако вважає, що знайшла ту саму особливу людину; однак, у Марії є більше, ніж здається на перший погляд — виявляється, що перше кохання Канако насправді є хлопцем, який переодягається в дівчину. Марія погрожує розкрити нечисті наміри Канако, якщо вона не зберігатиме в секреті його справжню стать, а щоб ускладнити ситуацію, він також замінює її первісну сусідку по кімнаті, щоб тепер стежити за нею.

Maria†Holic слідкує за Канако, коли вона шукає кохання не в тих місцях і намагається знайти дівчину своєї мрії — якщо тільки вона зможе пережити життя з Марією в одній кімнаті!