У 2029 році місто Ніігама стало технологічно розвиненим мегаполісом. Завдяки великим досягненням у кібернетиці його громадяни можуть замінювати свої кінцівки на роботизовані частини. Світ тепер більш взаємопов'язаний, ніж будь-коли раніше, а Секція громадської безпеки 9 міста відповідає за боротьбу з корупцією, тероризмом та іншими небезпечними загрозами в умовах глобалізації.

Сильна воля майора Мотоко Кусанагі з Секції 9 очолює справу, що стосується таємничого хакера, відомого лише як "Ляльковий майстер", який залишає слід жертв, позбавлених своїх спогадів. Як і багато хто в цьому футуристичному світі, тіло Лялькового майстра майже повністю роботизоване, що надає їм неймовірну силу.

Коли Мотоко та її підлеглі слідують за слідом загадкового злочинця, інші сторони, включаючи Секцію 6, починають втручатися, змушуючи її зіткнутися з надзвичайно складною природою справи. Розмірковуючи про різні філософські питання, такі як сенс її власного життя, Мотоко незабаром усвідомлює, що відповіді на ці питання надасть не хто інший, як сам Ляльковий майстер.