Аюму Айкава — 16-річний учень старшої школи, який трагічно вбитий під час розслідування підозрілого будинку. Однак він незабаром прокидається поруч зі дивною броньованою дівчиною на ім'я Єклівуд Хеллсайф. Вона виявляє, що є некромантом, який воскресив Аюму, в результаті чого він став зомбі!

Тепер безсмертний, Аюму вирушає на пошуки свого вбивці. Одного дня, під час пошуків на кладовищі, він зустрічає галасливу молоду дівчину на ім'я Харуна, яка бореться з ведмедем за допомогою бензопили, одягнена як магічна дівчина. Після того, як вона вбиває звіра, Харуна намагається стерти спогади Аюму про неї, але він натомість поглинає її магію. Позбавлена своїх сил, Харуна тепер наказує Аюму взяти на себе її роль у полюванні на дивні істоти, відомі як "Мегало", монстрів, які блукають людським світом і тероризують населення.

Kore wa Zombie Desu ka? слідкує за щоденними витівками людини, що стала зомбі, Аюму, коли він починає своє нове, абсурдне життя, де надприродне стає нормою.