Три роки після розв'язання змови Проекту Вавилон, члени підрозділу Патлабор Кііті Готоу пішли своїми шляхами. Готоу залишається з командою Патлабор, разом із Шінобу Наґумо, його романтичним захопленням та товаришем.

Користуючись суспільною недовірою до Японських сил самооборони, терористична організація починає діяти зсередини військових, щоб спричинити руйнування та масові громадянські заворушення по всій Японії. Наґумо дізнається, що за зростаючою терористичною змовою стоїть ніхто інший, як Юкіхіто Цуге, її колишній наставник і коханець.

Готоу знову збирає свою колишню команду Патлабор, очолювану пілотесою Ноа Ідзуми. Ведучи команду в місію по арешту Цуге, Наґумо повинна прийняти свою складну минулу історію стосунків, щоб врятувати Японію.