Минув рік з моменту зникнення Шіро, Срібного Короля; Куро Ятогамі та Неко старанно шукають його, але безрезультатно. Їхнє розслідування приводить до зустрічі з членами тепер вже розпущеного Червоного Клану HOMRA — Рікіо Камамото та Анною Кушиною, яких переслідує Зелений Клан, що прагне використати сили Анни для своїх цілей.

Тепер члени Септер 4 разом з Куро та Неко повинні врятувати Анну, маскота та єдину жінку в зруйнованому Червоному Клані, з лап ворога та, сподіваючись, знайти Шіро, використовуючи сили молодої дівчини. У кризовій ситуації група вимушена вступити в боротьбу за владу, коли Зелений Клан загрожує захопити територію Золотого Короля.

Другий етап серії K Project, K: Missing Kings, продовжує історію молодого хлопця, втягнутого в психічну війну між сімома королями, та демонструє боротьби кожного персонажа після втрат своїх відповідних королів.