Все ще переслідуючи свою амбітну мету, геніальна торгівець зброєю Коко Хекматяр, беземоційний дитячий солдат Джонатан "Джона" Мар і решта їхньої команди продовжують свої найманські діяльності. Від професійних убивць до приватних військових, робота групи постійно ставить їх перед обличчям небезпеки.

Але незабаром виникають внутрішні конфлікти, коли Ренато "Р" Соккі, один із охоронців Коко, виявляється під прикриттям агента "Операції Андершафт" — плану, розробленого ЦРУ для проникнення в HCLI та використання Коко як інструменту. Шокована його зрадою, лідерство Коко стає необхідним як ніколи, щоб об'єднати свою команду та відновити їхню основу довіри, перш ніж вони будуть розірвані.

Jormungand: Perfect Order слідкує за Коко та рештою її команди, коли вони стикаються з постійними супротивниками, долають внутрішні труднощі та втілюють в життя бачення Коко про світовий мир — де все в ідеальному порядку.