Inazuma Eleven Go: Chrono Stone відбувається після Святого Турніру з футболу. Герой моменту, Тенма Мацуказе, подорожує по всій Японії, щоб навчити дітей футболу.

Він повертається до середньої школи Раймон після виконання своєї місії, але, до його здивування, це вже не та Раймон, яку він пам'ятає. Футбольний клуб не існує, а члени чемпіонської команди Святого Турніру з футболу не мають жодних спогадів про участь у турнірі. Вони не пам'ятають ані Тенму, ані гру у футбол, яку любили. Коли Тенма вражений цим поворотом, раптом з'являється Альфа, лідер Агентів Маршруту та капітан команди Протокол Омеґа. Альфа оголошує, що він та його команда відповідальні за знищення пристрасті до футболу в Раймон разом зі спогадами членів футбольного клубу: і Тенма наступний.

Саме тоді з'являється дивний хлопець на ім'я Фей Рун, який вчасно рятує його. Хто ж такий Фей і чому Альфа хоче назавжди позбутися футболу? Тенма знає, що йому потрібно зробити все можливе, щоб здобути перемогу. Це битва, яка може вирішити долю футболу назавжди.