Десятиліття в майбутньому людство під загрозою від інопланетної раси, відомої як Нова. Ці нелюдські істоти залишають руйнування на своєму шляху щоразу, коли з'являються, а зусилля з їхнього стримування стали відомі як Бої Нови. Молоді жінки, відомі як "Пандори", та молоді чоловіки, відомі як "Лімітери", імплантуються зі стигматами, щоб надати їм надлюдські сили, і їх навчають у військових академіях, де вони повинні навчитися працювати разом, якщо людство має шанси на виживання.

Freezing розповідає історію Кадзуї Аоя, який вирушає на свій перший день у військову академію Західної Генетики, саме тоді, коли Пандори беруть участь у королівській битві. Тут він помилково приймає Сателізер ель Бриджет — потужну Пандору, відому як "Недоступна Королева" — за свою покійну сестру і обіймає її. Хоча він коштує їй перемоги, вона виявляє, що його дотик не відштовхує її, і вирішує взяти його як свого Лімітер. Єдине питання — чи зможе їхнє партнерство витримати інтриги їхніх старшокурсників і неминучий бій з Новами…