Сюжет обертається навколо літніх канікул Нобіти та його друзів під водами Тихого океану. Дзяйан і Суньо беруть підводний транспорт Дораемона і подорожують через Атлантичний океан, намагаючись знайти корабель зі скарбами.

По дорозі вони виявляють, що екологічна гармата, яку Дораемон використовував для їх захисту, вичерпується, залишаючи їх вразливими перед морем. На щастя, їх рятують деякі морські істоти.

Дораемон і його друзі пізніше потрапляють у полон до цих істот, які виявляються мешканцями підводного королівства Му. Виявляється, що інше підводне королівство, Атлантида, яке тепер контролюється роботами, збиралося знищити Землю ядерною зброєю, помилково прийнявши виверження вулкана за вторгнення.

З допомогою молодого хлопця з Му Нобіта та його друзі намагаються зупинити роботів, але всі потрапляють у полон. Однак, коли ситуація стає найгіршою, роботизований підводний транспорт Дораемона жертвує собою, щоб знищити комп'ютер, який контролював усіх роботів і ядерну зброю.

Після повернення до Му Дораемон і його друзі стають героями.