Прикидаючись людьми, гомункули населяють світ, щоб полювати на нічого не підозрююче населення. Створені давним-давно алхіміками з Європи, гомункулів важко знищити без зброї, відомої як Курогане. Кожне Курогане має унікальну форму відповідно до інстинктів свого власника, набуваючи вигляду спеціальних здібностей, званих Busou Renkin.

Коли одного дня, йдучи додому зі школи, Казукі Муту помічає беззахисну дівчину, яку атакує гомункул. Але коли він намагається втрутитися, дівчина врешті-решт рятує життя Казукі, розбиваючи його неосвічений світогляд. Дівчина представляється як Токіко Цумура, і Казукі незабаром дізнається, що вона випадково імплантувала Курогане всередині нього. Тепер, ненавмисно втягнутий у боротьбу проти гомункулів, Казукі мусить відмовитися від свого колишнього безтурботного життя, щоб захистити тих, кого він любить.